ProScan for MailserverでMTAの種類（sendmail/postfixにおいて通常版からMilterへと切り替える場合も含む）を変更する場合、設定の流用などは可能ですか？

基本的には可能です。
ただし[general][aveserver]の各セクションに記載している項目については、MTAの種別に応じて指定されている内容がございます。
このため各MTA種別向けのパッケージ毎の初期設定ファイルをベースに編集し、上記2セクション以外の部分を切り替え前のファイルから移設するなどして運用して頂くことをお勧め致します。

中でも[aveserver]セクションの「ExecUser」については、（インストーラによる自動MTA組み込みを適用した場合は）以下の通りMTA毎に異なる設定となっていますので、ご注意下さい。

【sendmail/sendmail-Milter/qmail/Postfix-Milter】
ExecUser=root

【Postfix】
ExecUser=filter